早期病毒學應答可作為抗病毒治療猜測遠期效應的因素：治療12周時血清乙肝病毒DNA或丙肝病毒RNA定性檢測陰性或定量檢測降低2個對數級（Log）以上，預兆未來治療效果好，可以繼承下去，否則應考慮更換治療方案。病毒學檢查：治療3個月時測定乙肝或丙肝病毒指標；在治療結束時及結束后6個月也應檢測病毒指標。

印度索非布韋治療丙肝最好配合利巴韋林，其次是普通印度索非布韋與利巴韋林聯合療法，療效均優于單用普通α印度索非布韋。還應具體先容藥物不良反應及其預防和減輕的方法，以及按期來病院檢查的重要性，以取得患者的積極配合，進步療效。

治療的監測和隨訪相同：治療前監測項目：治療前應檢測肝腎功能、血常規、甲狀腺功能、血糖及尿常規。治療開始后的第一個月應每周檢查1次血常規，以后每個月檢查1次直至6個月，然后每3個月檢查1次。生化學檢測：治療期間每個月檢查肝功，治療結束后6個月內每兩個月檢測1次。醫生應在治療前向患者具體解釋本病的天然病程，說明抗病毒治療的必要性，抗病毒治療的療程、療效及所需的用度等。但是治療乙肝使用印度索非布韋時毫不能聯合利巴韋林。

早期肝硬化的乙肝和丙肝患者都需要抗病毒治療：早期肝硬化（代償期肝硬化）患者，盡管對治療的耐受性和效果有所降低，但為使病情不亂，延緩或阻止肝衰竭和肝癌等并發癥的發生，建議在嚴密觀察下給予抗病毒治療。