從學理上分析，不難得出社會穩定風險評估的主體不宜是制定重大決策的部門和承辦重大建設項目的單位，而應當交給具有相對獨立性的第三方來做。同一個部門既負責重大政策決策的出臺又負責評估和判定這一政策是否會影響社會穩定，或是同一個單位既負責承辦建設項目又負責評估和判定這一建設項目是否會影響社會穩定，可以預期的是，后風險評估的結果往往是肯定而非否定該政策決策和該建設項目。這樣的風險評估就成了“做形式”、“走程序”，甚至出現控制論中所說的“正反饋”，即評估方輸出的反饋信息進一步強化了決策方的指令信息，決策方和評估方同方向地施力，導致無法提前預知、甚至有可能強化政策決策和建設項目所帶來的重大社會穩定風險。

遺憾的是，目前的先行試點往往借助強大的傳統慣性，指定或允許重大決策擬定部門成為開展重大決策社會穩定風險評估的承辦單位，指定或允許項目建設單位及其行政主管部門負責指導、協調、預審項目的社會穩定風險評估;如果兼有決策和評估職能的部門和單位認為有必要的，可商請維穩、信訪部門參與，而不是強制性地要求維穩、信訪部門一定得參與。當然有的先行試點也規定了“可委托社會中介機構開展重點建設項目社會穩定風險評估”，“可委托中介機構在項目可行性研究報告評估時一并對社會穩定風險進行評價，也可委托中介機構單獨對社會穩定風險進行評價”，如此的“可委托”、“也可委托”顯然不具有強制性，沒有什么約束力。

目前許多事業單位及其主管部門都受到“政事不分”的質疑和要求“管辦分離”的壓力，中共十七大報告也明確要求醫院“管辦分離”，并體現出以此為“突破口”普遍實施事業單位“管辦分離”的決心。當然，通過深化事業單位體制改革來徹底改變這一狀況，需要一定的時日。鑒于這樣的教訓，現在試點和推進重大政策決策和建設項目的社會穩定風險評估時，就應強調并堅持進行風險評估的主體的獨立性和超脫性，從一開始就貫徹“管辦分離”，避免制造新的“政事不分”、以后再增加“管辦分離”的麻煩。