體形
泥鰍苗體較小而細長，前端呈亞圓筒形！腹部圓，后端側(cè)扁。體高與體長之比為1.7：8。
頭部
泥鰍頭部較尖，吻部向前突出，傾斜角度大，吻長小于眼后頭長。口小，亞下位，呈馬蹄形。唇軟，有細皺紋和小突起。眼小，覆蓋皮膜，上側(cè)位視覺不發(fā)達。鰓裂止于胸鰭基部。
須
泥鰍的須有5對，其中吻端1對，上頷1對，口角1對，下唇2對。口須最長可伸至或略超過眼后緣；但也有個別的較短，僅長達蓋骨。泥鰍的這5對須，對觸覺和味覺極敏銳。
鱗
泥鰍頭部無鱗，體表鱗極細小，圓形，埋于皮下。側(cè)線鱗125一150枚。
體表
泥鰍的體表黏液豐富。體背及體側(cè)2/3以上部位呈灰黑色，布有黑色斑點，體側(cè)下半部灰白色或淺黃色。棲息在不同環(huán)境中的泥鰍體色略有不同。
鰭
梁山泥鰍苗背鰭無硬刺，不分支鰭條為3根，分支鰭條為8根，共11根。背鰭與腹鰭相對，但起點在腹鰭之前，約在前鰓蓋骨的后緣和尾鰭基部的中點。胸鰭距腹鰭較遠，腹鰭短小，起點位于背鰭基部中后方，腹鰭不達臀鰭。尾鰭呈圓形。胸鰭、腹鰭和臀鰭為灰白色，尾鰭和背鰭具有黑色小斑點，尾鰭基部上方有顯著的黑色斑點。

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